2021.07.29 の日記:ミスドの系統樹は忘れた頃に

そろそろこの話をしてもいいですか。ミスドの“系統樹”。

いろいろ書きたいことがあったのだけど、すぐに日記に書いたら調子に乗っているみたいで嫌だったのでずっとネタにせずに寝かせていた。


やらなくちゃいけない作業のやる気がおきなくて全て放り出して深夜の居室で作ったものである。こんなことをしている場合ではない。

生物の系統関係を形態の情報から推定する手法をミスドのドーナツに適用した。ただ適用したというだけで、ドーナツの文化的な系譜を推定しようとかそういう意図はない。もしそういう意図があったならこんなクソみたいな解析はしない (分岐分析がクソと言っているわけではない)。


最終的にだいたい1500RT4000いいねくらいになった。まあプチバズと言って良かろう。嬉しいね。

宣伝とかをリプ欄にぶらさげたりは死んでもしたくなかったけど、時期的に貝の不思議展は宣伝すべきだったと少し後悔している。僕が過去に一人で作ったものがあったとしてそれをあえて宣伝しないのは自由だけど、自分以外の先生や研究室のメンバーも関わっている (というか僕はあまり貢献できていない) 展示を効果的に宣伝できる状況があるのに宣伝しないのはどうなのかという気持ちである。

まあもちろん宣伝するもしないも僕個人の自由であるべきでそれで責められる道理はないのだが、宣伝したほうがみんな嬉しいのでつまらない拘りは捨てるべきなのかもしれない。

でも別の問題として、僕はつまらない拘りを持ち続けている人が好きなので、僕がつまらない拘りを捨てるのはそれはそれで無責任な行為になってしまう。


解析にはMEGA (リンク先:公式Webサイト)を使った。まあ特殊な設定のない普通の分岐分析なのでどのソフトを使っても同じである。MEGAは遠い昔に使ったことがあったので使っただけで他にもっと良いソフトがあったかもしれない。他にも別の分岐分析用のソフトを比較的最近触ったことがあってそちらのほうが使いやすかったのだけどグラフィックが嫌いすぎてもう二度と使わない誓いを立てていたので、代わりにMEGAを使ったという事情もあったりした。

系統樹を推定する元になる形質のマトリックスをコーディングするのがかなり面倒だった。ミスドの公式サイトの商品紹介の写真を見ながらチマチマ形質をとっていくわけである。それぞれのドーナツについて「生地がモチモチしている」とか「放射溝 (ポン・デ・リングみたいなくびれ) がある」とかを調べて0/1でコードする。ドーナツ、対称性が高いので形質の数が稼げない。あとそもそもドーナツの相同性って何だよという話になり、深夜の居室で悩みすぎて頭がおかしくなりそうだったので妥協して思考停止で思いついた形質をどんどん追加していった。それでも形質35個が限界だった。まあ多ければいいというものでもないが。

本職の分岐分類屋の指導の元でマトリックスを作り直したい。

科学的な倫理観がないのでマトリックスは公開しない。ざまあみろ!まあそもそもこれは科学ではないので。

(続く)

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サムネ用